NBAF将取代国土安全部的梅花岛动物疾病中心，该中心是位于纽约的生物安全三级设施，已有超过68年的历史。这两个部门自2006年以来一直在就下一代科学设施的建设展开合作，堪萨斯州的曼哈顿于2009年被选为NBAF的所在地。国土安全部领导NBAF的设计和建设，美国农业部将拥有并运营该设施。美国农业部的农业研究局（ARS）和动植物卫生检验局（APHIS）将共同承担NBAF的运营责任。ARS将主要关注研究，以了解高风险和新出现的动物疾病，并开发应对措施，如疫苗和抗病毒药物。APHIS则将专注于预防、监测、诊断和应对这些疾病，包括管理两个疫苗库和培训州和联邦兽医以识别牲畜疾病的专业知识。
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